پس از تصویب اصلاحیه قانون مطبوعات در مجلس پنجم، روزنامه سلام در روز سه شنبه ۱۵ تیر ۱۳۷۸ با تیتر درشت چنین نوشت: «سعید امامی پیشنهاد اصلاح قانون مطبوعات را داده است.» و ضمن انتشار یک سند محرمانه، این اصلاحیه را به سعید امامی منتسب نمود. وزارت اطلاعات دولت اصلاحات هم علیه روزنامه ی سلام به قوه ی قضائیه شکایت نمود.

در نتیجه این امر، دادگاه ویژه ی روحانیت روزنامه ی سلام را توقیف کرد. البته ناگفته نماند که وزارت اطلاعات به سرپرستی علی یونسی، تحت فشار اصلاح طلبان حزب مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب، شکایتش را پس گرفت اما هیچ گاه محرمانه بودن نامه ی منتشر شده را انکار نکرد و آن را یک سرقت اطلاعات تلقی نمود.

با اعلام حکم توقیف روزنامه سلام، اصلاحطلبان دچار غافلگیری شدند و به هشدار و تهدید روی آوردند. روزنامه های موسوم به زنجیرهای در اقدامی هماهنگ، تعطیلی روزنامه سلام را مهمترین سوژه خبری خود قرار دادند و ازآن به عنوان «اقدامی غیرقانونی»، «مقابله با دولت» و «مخالفت با توسعه سیاسی» یاد کردند. روزنامه نشاط با عبارت معناداری در زیر تصویر مدیرمسئول روزنامه سلام نوشت: «آیا محافظهکاران هزینه به صحنه آوردن آقای موسوی خوئینیها را محاسبه کردهاند؟» و روزنامه صبح امروز با مدیر مسئولی سعید حجاریان، در نخستین روز توقیف روزنامه سلام، تهدید کرد: «باید به یاد داشته باشیم که بازی دموکراسی، اگرچه بازی نامیده میشود، ولی اگر قواعد آن را پذیرفتیم، دیگر بازی نیست. رأی مردم به جمهوری اسلامی، رأی به دموکراسی است و اگر این قاعده چه در مطبوعات و چه در انتخابات در هم شکسته شود، آنگاه سیاست ورزی به پایان میرسد.»

هماهنگی روزنامه های پنجشنبه ۱۷تیر در اختصاص تیترها و سرمقاله های خود به عواقب غیرقابل پیشبینی و کنترل توقیف روزنامه سلام، نشان از آن داشت که یک تیم پشت پرده، هدایت این جریان را برعهده دارد؛ چراکه خبر توقیف روزنامه سلام ساعت ۱۰ شب اعلام شده بود که معمولا در آن زمان، اکثر روزنامه ها میبایست با انجام مراحل نهایی، صفحات روزنامه ها را به چاپخانه میفرستادند تا در توزیع فردا صبح خود دچار مشکل نشوند. روز پنجشنبه ۱۷تیر، ۱۰ روزنامه زنجیرهای با تیترهای تهدیدآمیزی چون «محدودیت مطبوعات خشم مردم را شعله ور خواهد کرد»، «زمان حامل حوادث خشونت بار است»، «نظام باید هزینه های سنگینی بپردازد»، «دانشجویان ساکت نخواهند نشست»، «ورود به قلعه چپگرایان یک ریسک خطرناک برای محافظه کاران است»، «مقابله با دولت و مخالفت با توسعه سیاسی» و «پایان سیاستورزی»، درصدد القای فضای بحرانی و ناآرامی به جامعه برآمدند تا در همان شب علیرضا نوری زاده، مفسر رادیو بیبیسی در تقدیر از عملکرد مطبوعات اصلاحطلب بگوید: «ما باید سرافراز باشیم که پرچمداران جامعه مدنی در ایران یعنی نشریات نشاط، صبح امروز، خرداد، همشهری و ایران، مراکز قدرت را نشانه رفته اند و با زیر سؤال بردن مشروعیت و مقبولیت نظام اسلامی، چالشی جدی فراروی حاکمان اسلامی گشودهاند.»

در دادخواهی این امر، دفتر تحکیم وحدت روز پنج شنبه ۱۷ تیر ۱۳۷۸ در دانشگاه تهران، میتینگی برگزار نمود که زمینه ی اعتراضات بعدی را فراهم کرد. ساعت ۲۲:۴۵ همان روز، حدود ۱۵۰ نفر از دانشجویان در محوطه ی کوی دانشگاه، راهپیمایی کردند و با تحریک افراطی های نفوذی نهضت آزادی، از کوی خارج شده و اقدام به شعار دادن میکنند. از جمله شعارهای دانشجویان این بود: «طرح سعید امامی ملغی باید گردد»، «مجلس فرمایشی، خجالت خجالت»، «آزادی اندیشه، همیشههمیشه.» در ابتدا نیروهای انتظامی و ضدشورش پس از ورود به منطقه از دانشجویان خواستند که به خوابگاه برگردند اما دانشجویان که تحت تأثیر تحریکات افراطیون بودند، بی توجه ی کردند و پس از ملحق شدن فرصت طلبهای ضدانقلابی، شروع به هتاکی نسبت به مسئولین نظام و ضربه زدن به اموال مردم کردند.

پس از گذشت نیمه شب، در بامداد روز جمعه ۱۸ تیرماه، پلیس با کسب مجوز لزوم برخورد با تحرکات غیرقانونی از وزارت کشور، اقدام به عمل نمود که بجز برخی دانشجویان که به کوی بازگشتند، با مقاومت باقی اغتشاشگران مواجه شد. پس از ورود فرمانده جانشین منطقه ی تهران بزرگ با لباس شخصی به همراه یگان هایی از نیروی انتظامی، مذاکراتی بین وی و مدیرکل خوابگاه انجام میشود که در نتیجه ی آن مدیر خوابگاه درخواست ترک نیروهای انتظامی را مینماید که عملی نمیشود و در نهایت منجر به مشاجره لفظی فرمانده و مدیر خوابگاه شده که باعث درگیری ثانویه میان نیروها و دانشجویان میشود. پس از این مورد، درگیریها و افراد دخیل در آن، افزایش یافته و سودجویان هم از این فضا استفاده نموده و بر شدت آن اضافه کردند.

درگیری های پراکنده که از نیمه شب آغاز شده بود، تا صبح روز جمعه ادامه مییابد و افراد نقابدار مستقر در کوی و پشت بام های مشرف به خیابان کارگر با پرتاب سنگ و سردادن شعارهایی علیه ارکان نظام، درصدد تهییج دانشجویان از یک سو و تحریک نیروهای انتظامی و امنیتی به شدت عمل در برخورد با دانشجویان در سوی دیگر برمی آیند.حدود ساعت ۱۱ صبح، بالاخره جلسه شورای تأمین استان در استانداری تشکیل میشود و حادثه شب گذشته را بررسی مینماید. حوالی ظهر روز جمعه به نیروهای انتظامی دستور داده میشود که از صحنه خارج شوند.

در این میان برخی چهره های سیاسی به بهانه ابراز همدردی با دانشجویان وارد کوی دانشگاه می شوند. مجید انصاری، موسوی لاری، دکتر معین، فائزه هاشمی، خانم کروبی، مصطفی تاجزاده، عبدالله نوری، درودیان، اکبر گنجی، ابراهیم اصغرزاده و… از جمله این افراد هستند. فضای دانشگاه همچنان متشنج است و سخنان برخی از این چهره های سیاسی که به بهانه آرام کردن دانشجویان به داخل کوی رفته بودند، شعله های خشم آنان را شعله ورتر میسازد به گونهای که بار دیگر گروههایی سازمان یافته از محوطه کوی خارج شده و در خیابان کارگر ضمن ضرب و شتم مردم و ایراد خسارت به اموال عمومی، درگیری های پراکندهای را با نیروهای انتظامی مستقر در اطراف کوی دانشگاه شکل میدهند. صبح جمعه خبرها حاکی از کشته و زخمی شدن بسیاری از دانشجویان بود و درگیری نیز تا بعد از ظهر ادامه یافت. ساعت ۳ بعد از ظهر، وزیر کشور به همراه وزرای آموزش عالی و بهداشت و درمان (دکتر فرهادی و دکتر معین) به کوی آمدند که در بدو ورود ایشان، شعارهایی از قبیل «وزیر کشور ما، اقتدار، اقتدار» به گوش میرسید. وقتی که او سعی در آرام سازی دانشجویان داشت، شعارها تندتر شد و به اینجا رسید که: «وزیر بیکفایت، استعفا، استعفا». جو خوابگاه، وی را ناچار به ترک کوی نمود اما باعث نشد که در ادامه جانب آنها را رها کند. وزیر آموزش عالی نیز همان روز در اعتراض به حمله کوی، استعفا داد و هیئت رئیسه دانشگاه تهران و رؤسای دانشگاههای تهران و هیئت نمایندگی نهاد مقام معظم رهبری نیز تهدید به استعفا کردند.

علاوه بر تعدادی مسئول مربوطه مانند علی ربیعی یا تاجزاده، برخی نمایندگان نیز از جمله غفوری فرد (از اعضای جناح راست)، فاطمه کروبی، کوروش فولادی (نماینده مردم خرم آباد)، فائزه هاشمی (نماینده مردم تهران)، هادی خامنهای و محتشمی (مشاوران رئیس جمهور) و چندنفر از اعضای شورای شهر، سعی در آرام سازی جو موجود داشتند. از بامداد شنبه تا پایان دوشنبه ۲۱ تیرماه، دانشگاه تهران در تسخیر دانشجویان کوی بود و نیرهای انتظامی هم دانشجویان را آزاد گذاشته بودند. روز شنبه، دبیرخانه ی شورای امنیت ملی در اطلاعیه ی شماره یک که منتشر کرد، ضمن اعلام همدردی با دانشجویان، مقام دستور دهنده ی نیروی انتظامی را عزل کرده و گروه ویژهای را برای تحقیق ماجرا تعیین نمود. همچنین اعلام کرد که تمام بازداشت شدگان، آزاد شدند و افرادی هم در حال رسیدگی به مجروحان هستند. ضمناً، جمع بندی دبیرخانه به استحضار و تأیید مقام معظم رهبری و فرماندهی کل قوا رسید که ایشان نیز بر ضرورت پیگیری امر تأکید نمودند. آیت الله صانعی و آیت الله اردبیلی هم با انتشار اعلامیه، اظهار همدردی نمودند.

بعد از ظهر یکشنبه ۲۰ تیرماه، حرکت دانشجویی در کوی به اوج خود رسید. گروهی از دانشجویان دانشگاههای علم و صنعت و امیرکبیر دانشجویان را به ترک کوی دعوت میکردند؛ دربرابر آنها، دانشجویی پشت میکروفن از همه خواست داخل کوی شوند. مدتی بعد عبدالله نوری پس از حضور در جمع دانشجویان، سخنرانی تندی علیه حادثه آفرینان و حامیان آنها نمود. بعد از سخنان وی، تریبون آزاد شکل گرفت و دانشجویان به دو دسته تقسیم شدند: عدهای خواهان ماندن در کوی و پیگیری قانونی خواسته ها و گروهی خواستار راهپیمایی و اعتراض خیابانی. در نهایت گروه دوم عصر همان روز از کوی بیرون رفته و شعارهای تند خود را علیه مسئولان ادامه دادند.

صبح دوشنبه ۲۱ ام، تیترهای تند روزنامه های حامی رئیس جمهور، حاکی از سخنان منتظری و کروبی و دبیر مجمع روحانیون درباره حوادث کوی دانشگاه بود. آیت الله طاهری (از اصفهان) و آیت الله نورمفیدی (از گرگان) عوامل حمله را محکوم کردند. تحصن اساتید و دانشجویان شکل گرفت و تریبون آزاد تشکیل شد. از طرفی اعلامیه ها نیز پشت سر هم منتشر میشدند، از جمله آنها اعلامیه ی فعالان ملی مذهبی بود که دانشجویان را به خویشتن داری دعوت میکرد.ظهر دوشنبه مقام معظم رهبری طی سخنان خود درباره حوادث کوی دانشگاه، ضمن اظهار ناراحتی شان، هشدار دادند: «دشمن دانشجو را هدف گرفته است… دانشجو فرزند ماست، متعلق به کشور است. دشمن است که میخواهد با نفوذ درمیان دانشجویان فساد و تباهی کند، خود دانشجویان بایستی هوشیارانه متوجه باشند.»

در ساعات پایانی روز دوشنبه، اجتماع دانشجویان به زد و خورد منتهی شد. حدود ساعت ۳ عصر، نزدیک به هزار نفر از دانشگاه تهران به سمت چهارراه ولیعصر خارج شدند و طی راهپیمایی، در میدان ولیعصر با نیروی انتظامی درگیر شدند. ساعت ۷ عصر نیز عده ی دیگری از دانشگاه خارج شدند که نیروی انتظامی با گاز اشک آور با ایشان درگیر شد که این درگیری ها تا شب هم ادامه یافت. برخوردهای قاطع نیروی انتظامی نشان از تصمیم بر پایان تظاهرات و ناآرامی ها داشت. با این حال، عده زیادی از دانشجویان و غیره، صبح روز سه شنبه هم مقابل ورودی دانشگاه تهران تظاهرات کردند و تا ظهر، اجتماع را به اوج خود رساندند.

پس از غائله ۱۸ تیر، دفتر تحکیم وحدت با اتخاذ مواضع جنجالی و تنش زایی، خود را مدعی تلقی نمود. در جریان راهپیمایی مردمی بیعت با رهبری در ۲۳ تیر ۱۳۷۸، ضمن شرکت در راهپیمایی، احتمال وقوع کودتا علیه دولت را هشدار داد. علی افشاری (عضو شورای مرکزی دفتر تحکیم وحدت) طی مصاحبه با روزنامه صبح امروز، از تهاجم بیرحمانه نیروی انتظامی تهران بزرگ و انصار به خوابگاه دانشجویان سخن گفت.

اما سردار فرهاد نظری (فرمانده وقت نیروی انتظامی تهران بزرگ) در یادداشتهای خود نوشته است: «با توجه به گستردگی آشوب و شورش در حساس ترین مناطق پایتخت در ۱۸ تیر ۱۳۷۸، دستور هر گونه برخورد با تظاهرکنندگان و آشوبگران از سوی وزیر کشور (موسوی لاری) ابلاغ گردید و ۴۸ ساعت به طول انجامید. در این مدت آشوبگران و اراذل و اوباش نقابدار تحت حمایت بعضی از مدعیان اصلاحات، آزادانه هرکاری که دلشان میخواست انجام دادند.» هم چنین سردار رحیم صفوی، فرمانده وقت کل سپاه پاسداران در گفتگویی ماجرای صدور مجوز ورود نیروهای نظامی برای برخورد با آشوبگران را اینگونه روایت میکند: «در روزهای نخست فتنه ۷۸ وزیر کشور اجازه نمیداد که سپاه و بسیج وارد عمل شده و آشوبی را که تهران را به آتش کشیده بود، آرام کنند. میگفت فقط نیروی انتظامی. این در حالی بود که نیروی انتظامی میگفت که ما دیگر نمیتوانیم ادامه بدهیم. من برای اولین بار همین جا عرض بکنم که من در آن قضیه برخورد جدی با وزیر کشور وقت داشتم. در دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی که دبیر آن آقای دکتر حسن روحانی بود، یک برخورد لفظی بین ما پیش آمد و آقای روحانی به نفع سپاه رأی داد و گفت: «سپاه باید بیاید؛ برای دفع فتنه تهران» با ورود بسیج و سپاه، در چند ساعت این فتنه تمام شد. میتوانم بگویم عناصری که ما آن زمان دستگیر کردیم گفتند که از سوی مسئولان برخی وزارتخانه ها حمایت می شدند.»

سردار فیروزآبادی، رئیس پیشین ستاد کل نیروهای مسلح هم این تصمیم حسن روحانی را با پشتوانه تأیید محمد خاتمی رئیس جمهور وقت عنوان کرده و میگوید: «این تصمیم شورایعالی امنیت ملی و تأیید رئیس جمهور بود. آن زمان جلوی خود بنده آقای روحانی با آقای خاتمی تماس گرفتند و گفتند وضع اینگونه و جمعبندی این است و ایشان گفتند دیگر هر تصمیمی که گرفتید انجام دهید، از این به بعد هم همینطور خواهد بود».

روزنامه ی سعید حجاریان با قصد تحریک اذهان، از قتل حداقل دو دانشجو نوشت. از طرفی دفتر تحکیم وحدت در دانشگاه تهران کمیته ی متحصنین را تشکیل داد و با شدت یافتن درگیریها طی روزهای بعد، کمیته از کنترل دفتر تحکیم هم خارج شد.

بار دیگر مقام معظم رهبری نظام اسلامی با صدور بیانیه ای در روز ۲۲ تیر ماه وارد صحنه شدند تا خرابکاری اصلاح طلبان را که حتی خودشان را هم نگران کرده بود، مدیریت و اصلاح نمایند. ایشان در بخشی از پیام خود فرمودند: «دو روز است که جمعی از اشرار با کمک و همراهی برخی از گروههای سیاسی ورشکسته و با تشویق و پشتیبانی دشمنان خارجی در سطح تهران به فساد و تخریب اموال و ارعاب و عربده جویی پرداخته و موجب سلب امنیت و آسایش مردم شده اند. دشمنان زبور و حقیر اسلام و انقلاب گمان کرده اند انقلاب و مردم مؤمن و انقلابی به آنان اجازه خواهند داد که با فتنه انگیزی خود راه سلطه ی آمریکای جنایتکار را بر میهن عزیز ما هموار کنند. گروهکهای وابسته و معاند، طبق تحلیل اربابان و معلمان خود گمان کردهاند مردم ایران از اسلام و انقلاب دست برداشته اند و به خیال باطل خود میخواهند از انقلاب اسلامی انتقام بگیرند ولی غافل از این که ملت مؤمن و شجاع و هوشیار به آنان و اربابان و پشتیبانان آنان اجازه ادامه شرارت را نخواهند داد و نظام مقتدر اسلامی آنان را به شدت منکوب خواهد کرد.»

پیام باصلابت و مقتدرانه ی مقام معظم رهبری، علاوه بر تغییر اوضاع، شجاعت ملت را تقویت نمود و وحشت را در دل دشمن زنده ساخت. ایشان از مسئولان دولتی و امنیتی خواستند که عناصر مفسد را بر جای خود بنشانند و فتنه انگیزان را ناامید کنند. همچنین به ملت ایران خصوصاً جوانان، فرمودند که مراقب حرکات دشمن باشند و با همکاری با مأموران، عرصه را بر مزدوران تنگ نمایند و آمادگی لازم را داشته باشند.

پس از مدتی که روزنامه هایی همچون صبح امروز، نشاط و همشهری بر تحریکات ملت افزودند، در نهایت حامیان اصلاحات خواستار اتمام ناآرامی ها شدند. سازمان تبلیغات اسلامی و حوزه ی علمیه ی قم و به دنبال آنها ناچاراً گروههای اصلاح طلب از مردم دعوت نمودند که در راهپیمایی ابراز انزجار نسبت به دشمنان خارجی و داخلی، شرکت کنند. در پایان نیز گروههای سیاسی مختلفی در این راهپیمایی وحدت خواهی در روز چهارشنبه ۲۳ تیر ۱۳۷۸ شرکت کردند که از جمله آنها میتوان اقشار ذیل را نام برد: مجمع روحانیون مبارز، دفتر تحکیم وحدت، جبهه مشارکت، حزب کارگزاران سازندگی، مجمع نیروهای خط امام، سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم، خانه کارگر، حزب اسلامی کار انجمنهای اسلامی معلمان، مدرسین دانشگاهها و جامعه پزشکی، جامعه مهندسین، جمع نمایندگان ادواری مجلس شورای اسلامی و جامعه ی اسلامی فارغ التحصیلان شبه قاره ی هند.